Le Laboratoire du Centre Hospitalier dispose désormais d’un spectromètre de masse. Le premier bilan de l’acquisition de cet appareil au sein de l’hôpital s’avère très positif, pour les biologistes, comme pour les cliniciens.
La prise en charge d’un patient suspect d’infection bactérienne ou fongique repose classiquement sur l’identification de l’agent pathogène au site d’infection et sur le choix du meilleur traitement antibiotique.
Par exemple, devant un patient fébrile (frissons, fièvre...), le clinicien prescrit des hémocultures pour le diagnostic d’une bactériémie (présence de bactéries dans le sang).
Au laboratoire, les hémocultures, prélevées dans le service, sont incubées dans un appareil afin de faire pousser les germes. Elles sont alors ensuite soumises à une batterie de tests qui permettent l’identification.
La stratégie habituelle pour ces identifications est constituée de plusieurs étapes : après des tests rapides d’orientation (coloration de Gram….), des tests phénotypiques, basés sur les caractéristiques biochimiques des bactéries, complètent l’identification.
Depuis des décennies, cette stratégie était la seule applicable dans un laboratoire de routine.
Dans la plupart des cas, l’identification a lieu au bout de 48 heures après la réception du prélèvement. Ce délai peut augmenter dans le cas de bactéries ou de champignons à croissance lente et/ou difficile.
Pourtant la mise en place rapide d’un traitement antibiotique adapté peut dans certaines pathologies graves entrainer une baisse significative de la mortalité : chocs septiques, pneumonies ou endocardites.
Aujourd’hui, la spectrométrie de masse, permet de raccourcir le délai d’identification.
Principe
La spectrométrie de masse MALDI-TOF est basé sur l’analyse de protéines des bactéries et des champignons. Le spectre de masse obtenu est une sorte d’empreinte digitale spécifique et unique qui peut être comparé à une banque de données.
Après une phase de préparation, l’échantillon bactérien est introduit dans le MALDI-TOF. Un faisceau laser volatilise et ionise l’échantillon (MALDI : Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization) et en déduit un profil spectral. Par comparaison avec la base de données, le logiciel propose l’identification la plus probable.
Avantages : nombreux
Enfin, sur le plan économique, cette technique nécessite peu de matériel biologique, peu de réactif, et peu de manipulations, ce qui explique un coût plus faible de fonctionnement, et une économie notable pour le laboratoire.
La base de données s’enrichit en permanence, ce qui permet actuellement un taux d’identification proche de 98%.
Autres applications à venir 2017-2018
Identification directe des carbapénèmases, des BLSE et des SARM.
Cela va permettre d’isoler les patients et de raccourcir les enquêtes épidémiques
Conclusion
La spectrométrie de masse est une technique innovante, permettant à un laboratoire de routine, non seulement d’identifier un grand nombre de bactéries et de champignons, mais aussi de réaliser cette identification de manière rapide, fiable et peu coûteuse.
Dr Z. El Harrif-Heraud, Biologiste
